前列腺组织也呈现炎症样反应，但又不同于细菌性前列腺炎所引起的大量炎性细胞浸润现象。
有许多证据表明，非细菌性慢性前列腺炎的盆腔会阴疼痛的原因，是膀胱出口及前列腺部尿道的神经肌肉障碍。在这些患者身上进行尿流动力学研究显示，在膀胱颈口以及尿道内外括约肌处有痉挛和狭窄。尿道压力图通常显示，尽管外括约肌的肌电图显示电静止状态，但在前列腺及膜部尿道的尿道最大闭合压是升高的。前列腺的这个区域有丰富的α肾上腺能受体这可能会引起逼尿肌和内括约肌的不协调。利用α阻滞剂治疗特别是新型的选择性α阻滞剂如哌唑嗪和特拉唑嗪可能会缓解症状。
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